通常情况下，两只眼睛都有飞蚊症可能是由于年龄、外伤、近视、眼内炎症、眼内出血等因素导致的，需要根据具体原因进行相应的处理。

1.年龄：如果年龄较大，由于玻璃体内的胶状物质逐渐变稀并收缩，可能会出现视力下降、视物模糊等飞蚊症的情况。这是正常的情况，通常无需进行治疗。

2.外伤：如果眼睛受到外伤，可能会导致眼睛部位的软组织外伤，从而出现上述不适症状。建议患者在医生的指导下进行消毒，并通过冰敷的方式改善不适。

3.近视：如果患者近视的度数较高，可能会导致视网膜越来越薄，从而出现飞蚊症。患者可遵医嘱使用维生素A棕榈酸酯眼用凝胶、康柏西普眼用注射液等进行治疗。

4.眼内炎症：如果患者的眼睛出现炎症，可能会导致分泌物增多，从而遮挡眼睛的视线。建议在医生的指导下使用阿米卡星滴眼液、妥布霉素滴眼液等药物进行治疗。

5.眼内出血：可能是外伤、高度近视等导致的眼内出血，容易出现视力模糊、出血的情况。此时可在医生的建议下使用盐酸吗啉胍滴眼液、盐酸左氧氟沙星滴眼液等药物进行治疗。

如果感到不适，应及时前往医院就诊。建议患者在医生的指导下进行对症治疗。