流行性脑髓筋膜炎通常指流行性脑脊髓膜炎，其与流行性乙型脑炎的区别有病因不同、传播途径不同、流行特点不同、预防措施不同、发病部位不同等。
1、病因不同：流行性脑脊髓膜炎通常与脑膜炎球菌感染有关，而流行性乙型脑炎是由乙型脑炎病毒感染引起的。
2、传播途径不同：流行性脑脊髓膜炎主要通过飞沫传播，而流行性乙型脑炎主要通过蚊虫叮咬感染传播。
3、流行特点不同：流行性脑脊髓膜炎常见于人群之间的群集性爆发，尤其在人口密集的地区流行；而流行性乙型脑炎通常与季节性的蚊虫活动有关，在农村地区高发。
4、预防措施不同：对于流行性脑脊髓膜炎，可通过疫苗接种来预防，其中包括多种脑膜炎疫苗；而对于流行性乙型脑炎，也有脑炎减毒活疫苗、乙型脑炎灭活病毒疫苗等，但覆盖范围较窄。
5、发病部位不同：流行性脑脊髓膜炎主要侵犯中枢神经系统的脑膜和脑实质，而流行性乙型脑炎主要影响中枢神经系统的大脑皮层和脑干。
需要注意的是，这两种疾病都属于严重的神经系统疾病，应立即就医，遵医嘱进行针对性治疗。
