治慢性结肠炎的药物包括氨基水杨酸制剂如柳氮磺吡啶、奥沙拉秦等；糖皮质激素类如地塞米松、强的松等；免疫抑制剂和生物制剂如硫唑嘌呤或巯嘌呤、环孢素A等。需要根据不同的类型、不同治疗目的及病情轻重选择合适的药物。
氨基水杨酸类药物是轻、中型溃疡性结肠炎治疗的主要药物，通过在肠道内发挥局部黏膜抗炎作用起效。氨基水杨酸类药物也被设计成在肠道释放的前体药物或缓、控释制剂，如美沙拉秦缓释颗粒，增强药物的利用率，减轻不良反应。
糖皮质激素是目前控制病情活动的有效药物，作用机制为非特异性抗炎和抑制免疫反应。一般适用于氨基水杨酸制剂治疗无效、急性发作期或重症患者。注意减药速度不宜太快，以防症状复发或出现撤药反应。
硫唑嘌呤或巯嘌呤可用于对糖皮质激素治疗效果不佳或对糖皮质激素依赖的慢性活动性患者，加用这类药物后可逐渐减少糖皮质激素用量甚至停用。环孢素A起效快，主要适用于对大剂量静脉滴注糖皮质激素无反应的急性重症UC患者。
建议慢性结肠炎患者要在专业医生的指导下进行用药，不可擅自用药或者换药，要严格遵守医嘱。
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